西山善峰寺と言い「ぜんぶ寺」とも呼ばれている、寺伝の善峯寺縁起絵巻に依れば1029年（長元2年）源信の弟子・源算の創建とされる、比叡山・横川の恵心僧都に学んだ後、1030年頃当地に庵を結んだのが嚆矢とされる。
1034年後一条天皇から勅願所の認定を受け良峰寺の寺号を受ける、鎌倉時代にはいり、慈円の弟子である観性･証空の入山する事により、浄土宗西山派の影響も受けた、この時代皇室の入山が増え「西山宮」とも呼ばれた。
室町時代に応仁の乱で堂宇を失うが、徳川五代将軍・綱吉の生母・桂昌院の援助により現在の堂宇を取り戻した。
ご利益は神経痛・入学祈願とされているが、絶景のロケーションを持ち、松の寺とも言われ枝の長い松等著名で五葉の松・遊龍松等と言はれている。
境内から京都市街が展望出来るのと、桜や紅葉の名所でもある。
寺の重要文化財に●多宝塔
●大元帥明王像（京博寄託）がある。